广西甲基化筛选:rdna甲基化筛选
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如何进行DNA甲基化分析
最佳答案基因甲基化的检测方法主要有以下几种：
甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR，MSP)
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。
2、亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR，BSP)
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为BSP-克隆测序法。
3、甲基化敏感扩增多态性
(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)
MSAP是利用对DNA甲基化敏感的两种同裂酶Hpa II和Msp I来对基因组DNA进行酶切和连接。由于两种酶能够识别相同的限制性酶切位点，即CCGG位点。当DNA序列中的CCGG位点出现不同程度的甲基化状态时，会分别被这两种酶识别，以有无产物的方式体现出来。
4、焦磷酸测序(Pyrosequencing)
通过准确定量单个连续的CpG 位点上的甲基化频率，焦磷酸测序能检测并定量甲基化水平上的细微改变。在序列延伸过程中，根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。因此，不同位点的甲基化变异就能被准确检测。由于焦磷酸测序提供了真实的序列数据，甲基化状态也就以序列形式呈现。
R语言 -- 寻找差异甲基化区域（DMR）-- DSS 包
最佳答案最好的文档其实还是官方文档。
有一个步骤简直太慢了，所以等的时候顺便简单记录一下~
适用于各种甲基化测序（WGBS、RRBS、TBS、芯片等）
上游分析略（ 请参考 )，我是用的是 BSMAP + MethylDackel extract 流程，最终得到甲基化bedGraph文件：
第五列：甲基化reads数，第六列：未甲基化reads数。
sourceFolder ：含有所有样本CpG.bedGraph文件的文件夹
Normal_B、GDM_B： 两组样本的 ID
因为我的分组有四组，因此还要把这次需要分析的两组给挑出来
下一步的构建对象需要提供包含所有样本甲基化信息的列表，因此使用lapply可方便获得
每个样本的甲基化数据格式为:
N 为 总reads数，X 为甲基化的reads数，因此需要转化一下
WGBS数据需要 smoothing = TRUE ，RRBS等测序方式官方建议也最好加上，虽然对结果影响不大：
如果提供的数据列名不是 chr pos N X 则会报以下错误：
注释结果可直接用于各种分析~
大力感谢： 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域
DNA甲基化检测有哪些方法
最佳答案方法概括起来可分为三类：基因组整体水平的甲基化检测、基因特异位点甲基化的检测和新甲基化位点的寻找
1) 基因组整体水平甲基化分析
a) 高效液相色谱柱（HPLC）及相关方法
b) SssI 甲基转移酶法
c) 免疫化学法
d) 氯乙醛法
2) 特异性位点的DNA甲基化的检测
a) 甲基化敏感性限制性内切酶(MS-RE)-PCR/Southern法
b) 直接测序法
c) 甲基化特异性的PCR
d) 甲基化敏感性单核苷酸引物延伸(Ms-SnuPE)
e) 结合重亚硫酸盐的限制性内切酶法（combined bisulfite restriction analysis，COBRA）
f) 甲基化敏感性单链构象分析
g) 甲基化敏感性变性梯度凝胶电泳
h) 甲基化敏感性解链曲线分析（methylation-specific melting curve analysis，MS-MCA）
i) 荧光法（Methylight）
j) DNA微阵列法
k) 甲基化敏感性斑点分析（methylation sensitive dot blotassay，MS-DBA）
l) 甲基化特异性多连接依赖性探针扩
3) 甲基化新位点的寻找
a) 限制性标记基因组扫描（restriction landmark genomic scanning，RLGS）
b) MBD（Methyl-CpG binding domain column chromatography，甲基化结合区）柱层析法
c) 联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD
MethylKit 使用手册
最佳答案methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。
DNA甲基化文件格式如下:
每一行是一个甲基化位点，其中，coverage代表覆盖这个位点的reads数，freqC和freqT分别代表发生甲基化和未发生甲基化胞嘧啶的比例。这种纯文本格式内容直观，文件小，读取快。
此文件可以通过perl脚本转化bismark输出文件CX_report.txt得到。
文件加载过程如下
在合并的过程中，默认情况下，只有所有的样本都包含该位点时，才会保留，本质就是取的所有样本的交集，如果你想要取并集，可以修改min.per.group参数的值，该参数的值代表每组中至少有多少个样本覆盖该位点时才保留，如果设置为1，就是取并集。
在methylKit的差异分析针对的是合并后的甲基化表达谱，上面的合并文件中每一行是一个甲基化位点，那么差异分析的结果就是差异甲基化位点，使用函数calculateDiffMeth执行差异分析。
执行区域分析之前，首先要合并甲基化区域文件，区域比较时，对单个碱基的覆盖度要求较低。
设定窗口和步长，比较区域内甲基化差异
合并完成以后，可以执行区域差异分析。
注释首先要使用R包genomation获取基因/区域信息
参数up.flank和down.flank用于定义启动子区域，默认TSS上下游各1000bp为启动子，这里定义TSS上游2000bp为启动子区。
用于汇总启动子等区域的DNA甲基化信息
当得到差异甲基化区域的注册信息后，可以通过
getAssociationWithTSS
函数获得其和TSS之间的距离，以及最近的基因。
还可以得到与内含子/外显子/启动子重叠的差异甲基化区域的百分比/数量
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