广西甲基化芯片龙头企业

今天运困体育就给我们广大朋友来聊聊广西甲基化芯片龙头企业,希望能帮助到您找到想要的答案。

本文目录导航：

• 1、广西钦州恒源石化有限公司怎么样？
• 2、309项！4114.1亿元！广西第四季度重点产业项目集中开竣工！
• 3、[甲基化问题锦集]
• 4、如何查找印记基因的差异甲基化区域
• 5、甲基化套路
• 6、甲基化知识点

广西钦州恒源石化有限公司怎么样？

优质回答简介：广西钦州恒源石化有限公司办公地址位于钦州市钦州港逸仙路海富中心13楼，旗下公司钦州玉明年年丰仓储有限公司，总共占地面积163亩左右，目前一期工程建成油库有油罐8个，库存2.4万立方米，成品油货源分别从中国石化、中国石油、广西东油沥青有限公司、广西玉柴石油化工有限公司、钦州永盛石油化工有限公司、钦州天恒石化有限责任公司等大型成品油炼制机构购进。公司经营范围（1）《成品油批发经营批准证书》、《危险化学品经营许可证》许可经营柴油、汽油、煤油、石脑油、压缩气体和液化气体、易燃液体、易燃固体等；（2）《铁路危险货物托运人资质证书》可经营汽油、煤油、柴油等铁路运输发货；（3）《进出口货物收发人报关注册登记证书》、《对外贸易经营者备案登记表》进出口贸易资质，主要经营石油制品、硫磺等化工产品的进口贸易；（4）石油制品仓储资质，现已有2.4万立方米仓储建成。（5）水上加油站《营业执照》和《港口经营许可证》，可在北部湾港区海上船舶加油

法定代表人：陈中玉

成立时间：1995-06-19

注册资本：5500万人民币

工商注册号：450700200008955

企业类型：其他有限责任公司

公司地址：钦州市永福西大街27号碧海盛世国际大厦A1509房

309项！4114.1亿元！广西第四季度重点产业项目集中开竣工！

优质回答重大项目建设牵动发展全局，决定发展地位，关系发展质量，代表发展形象，是区域经济稳增长的“压舱石”，是实现地区加快发展的“强引擎”，也是优化产业结构的“动力源”。实践证明，一个重大基础设施项目影响一个区域的发展格局，一个重大产业项目改变一座城市的命运。2019年第四季度，广西全区各级各部门贯彻落实自治区党委、政府的决策部署，扎实开展“重大项目建设攻坚突破年”活动，紧紧围绕“强龙头、补链条、聚集群”的总要求，加快推进重大产业项目建设，取得实效。

据统计， 第四季度全区计划新开工重点产业项目共309项，总投资4114.1亿元，2019年计划投资159.3亿元 。其中，自治区层面项目共59项，总投资2289.1亿元，2019年计划投资65.6亿元;市级层面项目共153项，总投资1678.5亿元，2019年计划投资75亿元;县级层面项目共97项，总投资146.5亿元，2019年计划投资18.7亿元。

竣工重点产业项目共213项，总投资516.2亿元，2019年投资138.1亿元。 其中，自治区层面项目共26项，总投资194.8亿元，2019年计划投资40.8亿元;市级层面项目共122项，总投资242.4亿元，2019年计划投资74.4亿元;县级层面项目共65项，总投资79亿元，2019年计划投资22.9亿元。

自2019年11月以来，全区各级各部门聚焦3000亿元年度攻坚目标，加强工作统筹，持续挖掘潜力，积极谋划推进，坚持稳投资补短板，合力推动全区重大项目建设不断取得新成效，吉利百矿集团年产1000万只低压铸造铝合金轮毂项目、年产50万吨高性能铝板带箔项目等一批重点产业项目纷纷开工建设和竣工投产。 据统计，11月份新开工重点产业项目151项，占第四季度计划总开工项目数的48.9%;竣工项目84项，占第四季度计划总竣工项目数的39.4%。

为确保全年全区重大项目建设顺利圆满收官，11月27日，自治区政府在钦州市举办2019年第四季度全区重点产业项目开竣工暨华谊钦州化工新材料一体化基地二期项目开工活动。据悉，当天开工的全区重点产业项目共75项，总投资1094亿元，年度计划投资25.9亿元;竣工的重点产业项目共29项，总投资104亿元，涵盖了化工、智能制造、旅游、文化、物流、能源等多个产业类别。贵港、南宁、柳州位列此次集中开竣工项目数量前3位，钦州、河池、南宁位列此次集中开工项目总投资额前3位。需要特别指出的是，华谊二期75万吨丙烯及下游深加工一体化项目、恒逸钦州高端绿色化工化纤一体化项目等项目总投资均超过100亿元。

这批重大项目的顺利开竣工，将进一步优化我区产业结构，促进产业升级，做大经济总量，加速形成助推我区经济发展的增长极和新引擎。

自治区层面重点开工项目介绍

1.华谊二期75万吨丙烯及下游深加工一体化项目。 项目位于钦州港经济技术开发区石化产业园，项目业主为广西华谊新材料有限公司，总投资150亿元，年度计划投资6500万元，建设年限为2019年至2022年，总建筑面积为26.65万平方米，主要建设75万吨丙烯及下游深加工、10万吨甲基丙烯酸及酯、20万吨双酚A等装置及相关配套设施。项目建成后，预计年产值达130亿元，年创税14亿元，将向非石油基丙烯及下游丙烯酸及酯、SAP等化工新材料产业延伸，对加快形成面向东盟的临海绿色石化产业集群具有重要意义。

2.华谊二期氯碱项目。 项目位于钦州港经济技术开发区石化产业园，项目业主为广西华谊氯碱化工有限公司，总投资58亿元，年度计划投资5500万元，建设年限为2019年至2021年，总建筑面积为10.5万平方米，一期建设30万吨烧碱、40万吨聚氯乙烯装置及配套设施;二期建设20万吨烧碱、20万吨聚氯乙烯装置。项目建成后，预计年产值达32.9亿元，年创税2.6亿元，提供就业岗位330个，对加快形成北部湾沿海石化产业集群、打造国家级钦州石化产业基地具有重要意义。

3. 北海新鸥鹏教育产业城项目 。项目位于北海市海城区，项目业主为曲江新鸥鹏集团，项目总投资120亿元，年度计划投资6000万元，建设起止年限为2019年至2023年，用地总面积约1525亩(含规划道路面积)，建设内容主要包括巴川K12国际学校(从幼儿园到高中全龄段教育)、教育MALL(科技馆、艺术馆、图书馆、青少年宫以及十大功能中心)、丝路古镇、教育公园、教育住区等。项目建成后预计年产值达到25亿元，年创税收2亿元，为城市创造超过5000个就业岗位。

4.恒逸钦州高端绿色化工化纤一体化项目。 项目位于钦州港经济技术开发区石化产业园，项目业主为广西恒逸新材料有限公司，总投资450亿元，年度计划投资3000万元，建设年限为2019年至2022年，总建筑面积为64.5万平方米，一期建设年产120万吨己内酰胺、120万吨聚酰胺聚合等生产装置及配套的合成氨、供热等设施;二期建设PTA(对苯二甲酸)及聚酯下游产业项目，打造高端绿色化工化纤一体化基地。项目建成后，预计年产值达182亿元，年创税16.4亿元，提供就业岗位871个，将直接缓解国内市场高档高速纺民用丝用己内酰胺供应压力，促进下游化纤和工程塑料产业的发展。

5.桐昆钦州北部湾绿色石化一体化产业基地项目。 项目位于钦州港经济技术开发区石化产业园，项目业主为广西桐昆石化有限公司，总投资510亿元，年度计划投资1000万元，建设年限为2019年至2025年，总建筑面积14万平方米，主要建设280万吨/年芳烃项目、500万吨/年PTA项目和60万吨/年苯乙烯项目及配套工程。项目建成后，预计年产值达650亿元，年创税32亿元，提供就业岗位851个，将补齐芳烃及下游PTA、涤纶的产业短板，实现产业项目间“隔墙供应”和产业链间的协同联动，助力推动广西石化产业高质量发展。

[甲基化问题锦集]

优质回答今天和大家聊聊甲基化。

问：什么是表观遗传修饰？

答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA的空间结构发生改变或使染色体结构发生改变，导致基因的沉默或过度表达。这两种修饰都是在不改变DNA碱基种类与数量的前提下使生物体表型呈现出多样化。

问：什么是DNA甲基化？

答：DNA甲基化是指在DNA 甲基化转移酶的作用下，将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5’-甲基胞嘧啶的过程。

问：DNA甲基化修饰有什么作用？

答：DNA甲基化是最早发现的一种表观遗传修饰，可能存在于所有高等生物中， 它并不改变基因的碱基序列， 而是通过改变基因的表达影响细胞的功能，与基因沉默、X染色体失活、基因组印记、RNA i以及肿瘤等生物事件密切相关，它们的共同作用机制是调节基因的表达。

问：不同生物，DNA甲基化类型是一样的吗？

答：当然不一样啦。原核生物中甲基化多发生在CCA/TGG和GATC序列，而真核生物中DNA甲基化一般只发生在CpG位点上，哺乳动物DNA甲基化只发生在CpG岛的胞嘧啶，植物甲基化发生在CpG和CpNpG。

问：什么是CpG岛？

答：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段CpG序列密度很高，可达到均值5倍即所谓的CpG岛。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有60%基因的启动子含有CpG岛。CpG岛的GC含量大于50%，经常出现在真核生物的编码基因的调控区。

问：CpG岛为什么要有个"p"，而不叫CG岛？p有什么特殊含意？

答：CpG是胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤的缩写，p代表磷酸。

问：如何预测CpG岛？

答：由于CpG 岛区域较小，研究起来更为方便，因此，众多的研究热点集中在CpG 岛甲基化状态的研究上。而研究CpG岛甲基化的前提条件是确认最合适的CpG 岛区域。

目前有一些网站可以进行CpG岛的预测，我推荐几个比较好用的：

CpG Island（ ）

CpGfinder( )

CpG islands revealing( )

CpGPlot/CpGReport/Isochore( )

然后用实验证实，可以用bisulfite sequencing来比较处理前后的不同，找到甲基化位点。

问：验证特定甲基化位点，并进行甲基化程度分析有哪些方法？

答：采用对照组和实验组样本进行甲基化验证。

(1) MSP方法：可进行特定位点甲基化验证，适用于甲基化芯片后的结果，无法进行甲基化程度分析；

(2) BSP克隆测序法：验证某些相关基因的甲基化位点，并精确计算出甲基化程度百分比；

(3) HRM法：适用于大批量样本甲基化验证，并能计算出甲基化程度范围。

(4) 焦磷酸测序：测序有效长度不超过60bp，精确定量每一个CpG位点。

(5) MassARRAY® 平台：用于单个基因启动子区域的甲基化检测；每个反应覆盖长达500 bp的多个CpG位点； 精准定量每一个CpG位点。

问：刚刚开始研究甲基化，如何寻找甲基化位点？

答：甲基化的研究是近年来较为火热的研究领域之一，您是不是也对它垂涎已久，却苦于无从下手？其实甲基化的研究并没那么难，一句话，还是套路！

首先，甲基化位点的筛选，可以使用全基因组Bisulfite测序（WGBS）、简化基因组甲基化测序（MethylRAD技术）或者甲基化芯片进行基因组整体水平甲基化检测，每种方法各有利弊，要根据实际的研究方向选择不同的方法。对于样品间差异甲基化位点的筛选，可以采用WGBS和MethylRAD技术，其中MethylRAD技术可以应用于无参考基因组的物种，Illumina Methylation EPIC芯片只能用于人类的DNA甲基化水平检测。当然也可以根据一些相关研究显示某些基因存在表达量降低的现象，预测该基因是否存在CpG岛；或者根据文献寻找相关基因的甲基化位点。

其次，对选择的特异位点进行甲基化验证，并进行甲基化程度分析。

最后，根据对照组和实验组样本的检测结果，分析甲基化位点与研究的相关性。

问：只知道基因名称，如何做甲基化检测？

答：只需要将物种及基因信息告知相应或测序公司，会为您提供全方位的检测服务。

原文： 甲基化问题锦集

如何查找印记基因的差异甲基化区域

优质回答找甲基化位点也就CpG岛一般是有以下几个方法：

1. MSP,亚硫酸氢盐转化后,将你想测的基因区域（如启动子区）转入细菌质粒中,进行测序（金标准）.挑克隆7/10是甲基化的克隆认为这个位点70%甲基化.大概可以测400+片段,但是问题是没有办法太精确,因为测得越多越精确,测太多太贵.

2. 焦磷酸测序,这里指的是Qiagen的PyroMark焦磷酸测序,亚硫酸氢盐转化后,对于启动子片段进行PCR扩增,测序,测出甲基化程度,仪器中Q24有FDA的认证,可以合作开发开发试剂盒.大概可以测60-70bp片段,胜在快速和稳定,但是引物设计成功率不高50%左右,适合小样本.

3. MassARRAY平台进行甲基化检测,用的是质谱法,也是亚硫酸氢盐转化,针对目标片段可以最多到500bp,但是问题是要求样本量一般比较大,位点数*样本数要等于384才好做,至少大于300因为那东西一张片子384,用两次就废了,一周不用完也废了.

4. 甲基化芯片如果你一还没有找到基因那你用这个做个初筛不错.

5. 甲基化测序,这个比较高端,也比较贵,25000一个,一般来说是去筛选未知的一些甲基化位点的方式,全基因组范畴,效果拔群.

甲基化套路

优质回答和甲基化有关的。

可以先了解下甲基化：

450k甲基化基础

450K甲基化芯片数据处理传送门

450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。

甲基化的一些预备知识

甲基化程度的量化

DMP（或DML，差异甲基化位点）与 DMR（差异甲基化区域）的关系。如何定义DMR？

一般来说，DMR是通过统计bump来计算出来的，可以参考： ChAMP 分析甲基化芯片数据-差异分析下篇

一般来说，我们还会关注两个方面的信息：DMR与CpG岛的关系，DMR与基因的关系。

DMR与CpG岛的关系：图片来自 ShengXinRen

关于DMR或DMP与基因的关系（笔者特别关注甲基化位点的功能注释），简要总结如下。

一般而言，启动子区域的甲基化程度影响基因的转录（但也有报道说第一外显子等位置的甲基化也与基因的转录相关）。如何描述一个基因的转录相关的甲基化程度呢？

有个论坛上是这么说的（ ShengXinRen ）：

也有人总结如下：

以及这种说法（ ）：

另外，补充一个知识（ “启动子预测”技能 ）：

感觉暂时并没有统一的标准。

可以自己尝试各种界定标准：

1、 TSS上游1500bp、2000bp、5000bp内的甲基化位点的平均值；

2、 TSS上游及下游1500bp、2000bp、5000bp内的甲基化位点的平均值；

3、 TSS上游1500bp、2000bp、5000bp内或5-UTR或第一外显子的甲基化位点平均值。

考虑5000是因为CpG岛的加上两边的Shore一般可达到6kb左右。注意到，5-UTR是第一外显子的一部分。有时候甚至还可以加上是否为CpG岛（或Shore）这个限定。

下图来自： 彻底搞清楚promoter, exon, intron, and UTR

3.4分，简单的肠癌甲基化分析。主要涉及差异分析、关联分析、功能注释。

解读： 如何从甲基化入手，轻松整篇预后标志物的文章

1、 数据质控 ：共485,577个基因座的DNA甲基化数据，在预处理数据和质量控制后，保留了467,971个探针。

2、 差异筛选 ：minfi包筛选DMR（差异化甲基化区域），这一步类似于RNA-Seq的筛选差异基因。结果：最终得到675个差异甲基化区域，其中654个上调。

3、 注释和功能

3-1 DMR的注释 ：这些DMR区域与基因的关系是什么呢？我们利用这些差异甲基化区域的位置与基因的各个元件位置的关系，观察这些差异甲基化区域主要分布在基因的哪些位置上。结果：上调的甲基化区域大多数位于基因的第一外显子，5'UTR，TSS200，TSS150和基因体中，而只有少数UMR位于基因间和3'UTR中区域，同样的下调的甲基化区域也有相同的现象。

3-2 DMR与CpG岛的关系 ：差异甲基化区域与CpG岛的关系如图，从中可以看出上调的差异甲基化区域主要聚集在CpG岛区域，而下调的差异甲基化区域主要聚集在低CpG岛密度区域。

总结：

在本研究中，在大量COAD样品中进行了DNA甲基化谱的综合分析，以研究COAD中存在的改变的DNA甲基化模式。COAD样品和邻近组织样品之间的DNA甲基化谱的比较揭示了COAD样品中异常的DNA甲基化变化，并导致675个DMR的鉴定，包括654个高甲基化和21个低甲基化DMR。这些结果与先前的研究结果一致，即DNA高甲基化是结直肠癌的常见特征。

此外，这些DMR可用于有效区分COAD样品和相邻组织样品，这表明DMR可能在COAD的形成中具有致病作用。基因组分析显示，DMR主要位于启动子区域（包括第1 外显子，5'UTR和TSS）和体区，这与之前在其他类型癌症中的观察结果一致。在基因间和 3'UTR 区域中仅发现了一小部分DMR。此外，大多数高甲基化DMR位于CpG岛中，而大多数低甲基化DMR不位于CpG岛或注释基因中。

甲基化知识点

优质回答所以首先需要搞清楚什么是表观修饰，表观遗传学，以及为什么关注DNA甲基化这其中一种表观修饰！

表观遗传修饰是指对基因组功能的相关修饰，通过一系列生物学修饰改变基因的活性而不是DNA的核苷酸序列影响基因的表达。对基因组功能的相关修饰主要包括对**DNA、RNA、以及组蛋白等的修饰，这些修饰改变了染色质的局部电化学特性和构象，从而调节基因的转录活性。

其中对 组蛋白修饰 主要是究方法通常是chip-seq技术，我们已经在生信技能树发布了系统性的chip-seq教程，这里就不再赘述。组蛋白是染色质的重要组成部分，主要分为H2A、H2B、H3、H4，与DNA缠绕可形成核小体。 组蛋白修饰 是在组蛋白N末端的氨基酸残基上发生的共价修饰，主要包括甲基化、乙酰化、泛素化、磷酸化、羰基化、糖基化等。

DNA甲基化 是表观遗传学领域一个重要的研究方向，真核生物中最常见的DNA修饰非 5-甲基胞嘧啶（5mC） 莫属了，然而在原核生物中最常见的DNA修饰方式则为 N6-methyladenine (6mA) ，即腺嘌呤第6位氮原子甲基化修饰。

人类是真核生物 ，所以当然是5mC的DNA甲基化形式的检测咯。人的参考基因组约30亿碱基，上面不到1%是 CpG位点，可以被甲基化，也就是说不到3千万个 CpG 位点。这些 CpG 位点中，大约 60~80% 被甲基化。主要是而启动子等特殊区域存在 未被甲基化的CpG 岛，那些区域的CpG 位点比较富集。目前研究表明，肿瘤细胞的甲基化水平平均是低于正常细胞的。

亚硫酸盐是甲基化探测的“金标准”，不管是芯片或者甲基化测序，都要先对DNA样品进行亚硫酸盐处理，使非甲基化的C变成U，而甲基化的C保持不变，从而在后续的测序或者杂交后区分出来。

关于DNA甲基化检测手段介绍，我觉得 Make Decision: DNA甲基化检测方法，哪一款适合你？ 写的就足够好了。同样的，早期研究以芯片为主，从成本的角度来看，也是芯片为主，但是测序数据更丰富。

可选的甲基化芯片产品就少很多，绝大部分是illumina公司产品的，从27K到450K到850K甲基化芯片。比较好的介绍是：Illumina 琪先生 2018-07-17的 一文了解 MethylationEPIC 850K 甲基化芯片

Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片包含了原先的Infinium Methylation450 BeadChip芯片90%的内容，这种选择可提供一种广泛、全面的甲基化组图谱。而且还靶定了ENCODE计划中确定为潜在增强子的区域，还有FANTOM5计划在各种组织类型中确定出的增强子。详细如下：

Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片的数据分析是由GenomeStudio Methylation Module模块所支持，让研究人员能够对小规模研究开展差异甲基化分析。GenomeStudio软件2011.1版特有高级可视化工具，让研究人员能够在单幅图中查看大量的数据，如热图、散点图和线图

甲基化检测方法多达上百种，哪怕是基于NGS的测序技术，也有BS-Seq、MeDIP-Seq、RRBS-Seq、WGBS、MBD-Seq、SMRT 等，我发现 何聪聪 诺禾科服 2016-09-10 介绍的比较齐全，摘抄送给大家，原文在： DNA甲基化研究方法速递

我们我们介绍甲基化测序数据的一般分析流程的时候，主要是针对WGBS技术的数据。

BS-Seq（亚硫酸氢盐测序）有两个缺点：

针对这两个缺陷，科研界一直在尝试研发改进方法。

复旦大学于文强教授团队开发出了一种新的全基因组检测的方法 GPS。该方法利用 T4DNA 聚合酶的 3′-5′外切酶活性和 5′-3′聚合酶活性，使得双端测序的一端是基因组原序列，另一端是转化后的表观序列。该方法极大提高了比对效率和准确性。

当然了，也是可以用低通量手段，专注 特异性位点甲基化检测 ，有：

比如发表在BMC Med. 2009 Oct 的文章Genomic and epigenetic evidence for oxytocin receptor deficiency in autism.里面Gregory等研究者通过 亚硫酸氢盐测序 的方法对119例ASD患者和119名健康人进行了DNA甲基化分析，分析了与调节OXTR表达相关的CPG在外周血和颞叶皮质的甲基化水平，发现ASD患者的CPG甲基化水平在外周血和颞叶皮质均较健康人明显升高。这个研究里面的bisulfite sequencing (BSS)就是低通量，仅仅是关注感兴趣的基因而已：

生物学意义，通常是建议大家看教科书吧，DNA甲基化是最早被发现的表观遗传修饰途径之一，参与许多重要的细胞过程，如基因组印记、X染色体灭活、转录抑制、胚胎发育等，与精神分裂症、Rett综合征、肿瘤等多种疾病的发生和发展密切相关。

尤其是我感兴趣的肿瘤中普遍存在DNA甲基化状态的改变，其特点是总体甲基化水平的降低与局部甲基化水平的升高。在肿瘤细胞中，癌基因处于低甲基化状态而被激活，抑癌基因处于高甲基化状态而被抑制。

比如： DNA甲基化与肿瘤风险预测

再比如： DNA甲基化推进脑肿瘤的精准分型

还有番茄，玉米的研究，大家自行检索深入学习哦。

当然，更值得一读的是2018年5月， Nature Reviews Molecular Cell Biology 发表的中国科学院上海植物逆境生物学研究中心 朱健康 研究员、 张惠明 研究员与 郎曌博 研究员共同完成的题为“Dynamics and function of DNA methylation in plants”的综述文章。 系统的讨论了植物中DNA甲基化过程。

人体内，DNA甲基转移酶主要有四种：DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。

因为药物研发也不是我的领域，这里略~~~

随着高通量生物技术（芯片、测序技术）的不断更新发展，高通量的DNA甲基化数据不断涌现，一些大型国际合作的生物大数据计划产生了Pb（petabyte）数量级的甲基化谱。由多个国家和地区的研究机构组成的“国际人类表观基因组同盟”（International Human Epigenome Consortium，简称IHEC）为了研究与人类健康和包括癌症在内的复杂疾病相关的细胞状态产出了超过1000个表观基因组的数据

摘自：

今天的内容先分享到这里了，读完本文《广西甲基化芯片龙头企业》之后，是否是您想找的答案呢？想要了解更多，敬请关注www.zuqiumeng.cn,您的关注是给小编最大的鼓励。