导读芯片达人教你如何看数据手册最佳答案1、先看看芯片的特性（Features）、应用场合（Applications）以及内部框图。 这有助于我们对芯片有一个宏观的了解，此时需要弄清楚该芯片的一些比...

今天运困体育就给我们广大朋友来聊聊山西甲基化芯片,希望能帮助到您找到想要的答案。

芯片达人教你如何看数据手册

芯片达人教你如何看数据手册

最佳答案1、先看看芯片的特性（Features）、应用场合（Applications）以及内部框图。 这有助于我们对芯片有一个宏观的了解，此时需要弄清楚该芯片的一些比较特殊的功能，充分利用芯片的特殊功能，对整体电路的设计，将会有极大的好处。比如AD9945可以实现相关双采样（CDS），这可以简化后续信号调理电路，并且抵抗噪声的效果还好。

2、重点关注芯片的参数，同时可以参考手册给出的一些参数图（如AD9945的 TPC 1，TPC2等），这是是否采用该芯片的重要依据。像AD9945，就可以关注采样率（maximum clock rate）、数据位数（AD converter）、功耗（power consumption）、可调增益范围（gain range）等。

3、选定器件后，研究芯片管脚定义、推荐的PCB layout，这些都是在硬件设计过程中必须掌握的。所有管脚中，要特别留意控制信号引脚或者特殊信号引脚，这是将来用好该芯片的前提。比如AD9945的SHP、SHD、PBLK、CLPOB等。

4、认真研读芯片内部寄存器，对寄存器的理解程度，直接决定了你对芯片的掌握程度。比如AD9945就有4个寄存器：Operation、Control、Clamp Level和VGA gain，对于这些寄存器，必须清楚它们上电后的初始值、所能实现的功能、每个bit所代表的含义这些基本情况。

5、仔细研究手册给出的时序图，这是对芯片进行正确操作的关键。单个信号的周期、上升时间、下降时间、建立时间、保持时间，以及信号之间的相位关系，所有这些都必须研究透彻。像AD9945的Figure 8 和 Figure 9 就很值得花费时间去仔细研究。

6、最后提醒初学者：

凡是芯片数据手册中的“note”，都必须仔细阅读，一般这都是能否正确使用、或能否把芯片用好的关键之所在。

ChAMP分析甲基化芯片数据-差异分析上篇

最佳答案经过预处理之后的数据，就可以进行差异分析了。对于甲基化芯片而言，有两个方面的差异分析

在 ChAMP 包中， champ.DMP 函数用于分析差异甲基化探针， champ.DMR 函数用于分析差异甲基化区域。本章我们先看下差异探针的分析

champ.DMP 函数的用法示例

在差异分析时，我们需要两个输入数据，一个就是探针的表达谱数据，beta  matrix, 另外一个就是样本的分组信息。

在 champ.DMP 函数中，默认 myNorm 作为归一化之后的beta  matrix，对于样本的分组信息， ChAMP 默认从Samplesheet.csv文件中读取，在数据导入成功后， myLoad$pd 代表的就是SampleSheet.csv文件的信息，所以 myLoad$pd$Sample_Group 代表样本的分组信息。

在差异分析时，最关键的就是差异分组问题。在实验设计阶段，有很多类型的分组设计，比如最常见的case_vs_control, 两个group的分组;多个组织，比如3个组织，共3个group; 时间序列，比如药物处理后的几个时间点。不同的实验设计，在差异分析时，想要关注的差异点自然不同，在分析时也要采取不同的分析策略。

对于 ChAMP 来说，上述的几种分组设计都是支持。

champ.DMP 计算过程分为以下3步：

测试数据分成T和C两组，每组各4个样本、

在这一步，需要确定两个因素：

通过调用 limma 函数进行差异分析，默认通过 BH 方法进行多重建设检验的校正，p.adjust < 0.05 的认为是差异探针

可以通过 adjPVal 参数修改p.adjust的阈值，当然也可以修改 adjust.method 参数的值，调整多重假设检验校正的算法，默认值为 BH , 可选值包括 “none”, “BH”, “BY”, “holm”。

之前的分析都是针对探针的beta matrix 进行的分析，找的差异探针之后，我们肯定希望知道这个探针对应的基因，染色体位置等注释信息。这一步实际就是在已有的差异结果的基础上，追加探针的注释信息。

myDMP 就是最终的差异分析结果，是一个 list 对象，list中的每个元素是两个group之间差异分析的结果。

测试数据只有两个分组，所以list 中只有一个元素。差异分析的结果是一个 data.frame 对象，可以分成3个部分。

从 logFC 到 B 的部分是limma 差异输出结果， C_AVG 到 deltaBeta 是每组表达量的均值， deltaBate 是两组均值的差， CHR 到 Probe_SNPs_10 是探针的注释信息。

TCGA数据ID的编码意义

最佳答案TCGA数据分析系列（一） (qq.com)

TCGA中数据类型主要有以下几种

mRNA：mRNA芯片或者RNA-Seq测得的mRNA表达量

microRNA：microRNA芯片或者microRNA-Seq测得的microRNA表达量

Clinical：病人的一般情况、诊治情况、生存情况、肿瘤分期等随访信息

Copy Number：SNP芯片得到的肿瘤组织比对正常组织的染色体上各片段的比值

Mutation：肿瘤组织测序结果相对参考基因组的核苷酸突变，包括插入和缺失等变化

Protein：蛋白芯片测序得到的约200种常见癌症相关蛋白的表达量

Methylation：甲基化芯片测得的DNA甲基化数据

Project：所有TCGA样本名均以这个开头

TSS: Tissue source site，组织来源编码

详见组织来源编码

Participant：参与者编号

Sample：其中编号01~09表示肿瘤，10~19表示正常对照，最常见的是01和11

Vial：在一系列患者组织中的顺序，绝大多数样本该位置编码都是A; B表示福尔马林固定石蜡包埋组织，已被证明用于测序分析的效果不佳，所以不建议使用B的样本数据

Portion：同属于一个患者组织的不同部分的顺序编号，同一组织会分割为100-120mg的部分，分别使用

Analyte：分析的分子类型，对应关系如下所示

Plate：在一系列96孔板中的顺序，值大表示制板越晚

Center：测序或鉴定中心编码

今天的内容先分享到这里了，读完本文《甲基化芯片数据怎么看》之后，是否是您想找的答案呢？想要了解更多，敬请关注www.zuqiumeng.cn,您的关注是给小编最大的鼓励。